کلمه اسید آمینه به ترکیبی اطلاق می شود که دارای عامل اسید و عامل آمین باشد. پروتئین ها پلیمر های اسید آمینه های مختلف هستند.  بیست نوع اسید آمینه مختلف وجود دارد که اساس ساختمان همه آنها یکسان است ولی دارای شاخه فرعی یا گروه های متفاوت فرعی هستند. R- CH(NH2)-COOH در مرکز مولکول اسید آمینه اتم کربن به نام کربن آلفا وجود دارد. این اتم از یک طرف به گروه آمین و از یک طرف دیگر به گروه کربوکسیل با پیوند کوالان متصل است. سومین پیوند این کربن همیشه با هیدروژن است و چهارمین پیوند به شاخه های فرعی اتصال دارد.
در محلول خنثی گروه کربوکسیل یک پروتون از دست می دهد و گروه آمین یک پروتون به دست می آورد، بنابراین اسیدآمینه در محلول خنثی است ولی دارای مولکول هایی است که دارای دو بار مختلف الکتریکی هستند و به زویتریون معروف هستند. برای نامگذاری اسیدهای آمینه تشکیل دهنده پروتئین ها عامل آمین را با لفظ آمینو ذکر کرده و نام اسید را به آن اضافه میکنیم. مثلاً اسید آلفا آمینوپروپیویک را آلانین می نامند.